ENSAMBLADO DE NOVO DEL GENOMA DE TRICHODERMA KONINGIOPSIS POS7: POTENCIAL BIOCONTROLADOR DE HONGOS FITOPATÓGENOS.

AMERIO, NS; CASTRILLO, ML; BICH G. A.; ZAPATA, PD; VILLALBA LL

Posadas

Jornada; VII Jornadas de Estudiantes de Bioquímica. Dra Martha Medvedeff; 2017

INTRODUCCION:El surgimiento de las tecnologías de secuenciación de nueva generación, NGS, han revolucionado el campo de la genómica al permitir el procesamiento masivo y en paralelo de grandes volúmenes de datos. Además, las tecnologías NGS han reducido notablemente los costos y el tiempo para obtener las secuencias genómicas. El genoma brinda, en principio, el catálogo completo de genes que un organismo puede expresar. La interpretación de la información generada desde el enorme volumen de datos crudos originados por el secuenciador hasta los miles de genes identificados en paralelo asociados a diversas funciones, constituye un gran reto desde el punto de vista computacional. El ensamblaje de novo es uno de los procedimientos empleados para reconstruir genomas, a partir de millones o billones de reads (secuencias cortas de lecturas) generadas por la secuenciación. Todos los métodos de ensamblaje se basan en la simple suposición de que fragmentos de ADN altamente similares se originan de la misma posición dentro del genoma. De esta manera, la similitud entre secuencias de ADN se usa para conectar fragmentos individuales en secuencias contiguas más largas, denominadas cóntigos (secuencias consenso obtenidas a partir del ensamblaje de los reads). Para procesar y analizar el enorme volumen de datos biológicos generado por estas tecnologías, ha sido necesario el empleo de herramientas bioinformáticas que permitan manipular eficientemente esta creciente cantidad de información. El software CLC genomic Workbench se presenta como una propuesta que integra varias opciones: sencillo de utilizar y escalable, cuenta con ensamblador de novo confiable, está acompañado de herramientas de recorte para eliminar datos de baja calidad y entrega alta calidad de ensamblaje de manera rápida y eficiente.Como objetivo principal del presente trabajo se propuso ensamblar de novo el genoma de Trichoderma koningiopsis cepa POS7, la cual se presenta como potencial biocontrolador de hongos fitopatógenos.METODOLOGÍA: Los 7.773.936 reads generados de la secuenciación del genoma de T. koningiopsis cepa POS7 mediante la tecnología Illumina fueron mapeados de novo usando el software CLC Genomics Workbench versión 10.1.1. Para este procedimiento se configuraron algunos parámetros como ser: ajustes de mapeo con una fracción de longitud mínima de 0.5, 0.8 y 0.9, una fracción de similitud mínima de 0.5, 0.8 y 0.98 y la longitud mínima de los cóntigos de 300 y1000. RESULTADOS:A partir del ensamblado de novo de los 7.773.936 reads del genoma de T. koningiopsis cepa POS7 se lograron obtener 239 cóntigos, con un N50= 440.295. La configuración de los parámetros que presentaron este mejor ensamblado fueron: fracción de longitud mínima de 0.8, fracción de similitud mínima de 0.5 y longitud mínima de los cóntigos de 1000. En dicho ensamblado se encontraron mapeados 7.662.298 reads y sólo 111.638 no lograron ser ensamblados.CONCLUSION:El genoma de T. koningiopsis cepa POS7 se logró ensamblar en 239 cóntigos. La obtención de estos cóntigos, permitirá realizar búsquedas y predicciones de genes implicados en el proceso de biocontrol de hongos fitopatógenos.