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En el presente trabajo se estudia la estructura de la población prehistórica tardía del Noroeste argentino mediante el empleo de 35 caracteres métricos y 33 epigenéticos del cráneo, con el fin de inferir los posibles factores responsables del proceso de diferenciación que operó en el área. La muestra está constituida por más de 900 cráneos de ambos sexos, de edades post-reproductivas, deformados y no deformados artificialmente, correspondientes a cuatro regiones: Puna, Quebrada de Humahuaca, Valliserrana y Selvas Occidentales. Las relaciones biológicas entre las regiones se evaluaron mediante la aplicación de técnicas estadísticas apropiadas para cada tipo de carácter (tablas de contingencia, prueba Chi2, medida media de divergencia, análisis de correspondencia, D2 de Mahalanobis, análisis discriminante, análisis de conglomerado, prueba de Mantel). Los resultados indican que una importante proporción de variables discretas están asociadas con sexo, edad, deformación y región; que los caracteres métricos muestran una mayor variabilidad que los no-métricos; que la relaciones biológicas entre regiones, estimadas a partir de caracteres continuos, no cambian cuando son obtenidas con cráneos deformados artificialmente o con cráneos sin deformación. Además, se verifica la conformación de dos conglomerados biológicos, uno que incluye la Quebrada de Humahuaca y la Puna y el otro la subárea Valliserrana y Selvas Occidentales. Se observa una notable correspondencia entre los modelos métrico y no-métrico y su consistencia con la información arqueológica disponible. De acuerdo con los antecedentes existentes, es posible que las subpoblaciones que ocuparon esta región hayan tenido un origen común a partir de un grupo andino ancestral, las cuales se diferenciaron posteriormente por la acción de la deriva, la migración y la práctica de particulares pautas de apareamiento.

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