Identificación in sílico de nuevas regiones genómicas asociadas al carácter tipo de carpelo en frutos de tomate (Solanum lycopersicum)

VAZQUEZ, DANA V.; CAMBIASO, VLADIMIR; PEREIRA DA COSTA, JAVIER H; RODRÍGUEZ, GUSTAVO RUBÉN

Mendoza

Congreso; XVII Congreso Latinoamericano de Genética; 2019

Existeuna  gran diversidad  para  la forma  de  fruto en  el  tomate cultivado  y  es  un  carácter de  gran  importancia económica.  Nuevas  versiones del genoma  de  referencia en  tomate  y metodologías  de   análisis  in   sílico,   proveen  herramientas   para   re-analizar la  información  existente y  obtener resultados   inéditos.  A   partir   de  un   cruzamiento   intravarietal,   se  realizó   un   análisis  de   grupos   discrepantes y  secuenciación  de genoma  completo,  para    detectar     regiones     genómicas    asociadas     al  carácter tipo  de  carpelo (TC,  fusionado  o  nofusionado). Se identificó una región en la base del cromosoma  6 asociada  al  carácter. Un  análisis posterior de TC en lageneración F2 y las retrocruzas de  la  F1  hacia ambos  parentales  mostró que  las  frecuencias observadas  se  ajustan a  la  segregación esperada   para   una  epistasis   doble   recesiva.  El   objetivo   fue  identificar   regiones   genómicas asociadas a la segregación de TCmediante nuevas aproximaciones    metodológicas    bioinformáticas     para explicarsu herencia. Las secuencias genómicas de los grupos discrepantes se alinearon ala versión SL3.0   del   genoma  de   referencia   de  tomate   y   se  compararon.  Se  identificaron los  polimorfismos genómicos    asociados   al    carácter    mediante   la    metodología  G ́ utilizando  el  paquete QTLseqr  de R.  Se logró  identificar  un nuevo  QTL  putativo de 59  Mb  de longitud  en  la región  centromérica  del cromosoma 10  (p< 0,01),  además del  ya  conocido en  el  cromosoma 6  (p< 0,01).  El análisis  in  sílico determinó que dos loci controlan el carácter tipo de carpelo y conmarcadores moleculares se confirmará la epistasis doble recesiva.