Polimorfismo genómico detectado por NGS y su aplicación en un programa de mejoramiento de tomate (Solanum spp.)

CAMBIASO, VLADIMIR; PEREIRA DA COSTA, JAVIER H; PICARDI, LILIANA AMELIA; PRATTA, GUILLERMO RAUL; ZORZOLI, ROXANA; RODRÍGUEZ, GUSTAVO RUBÉN

Rosario

Simposio; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; 2017

Desde laobtención del genoma de referencia en tomate se han secuenciado más de 400genotipos cultivados y silvestres. El objetivo del trabajo fue utilizar elpolimorfismo genómico detectado entre el cultivar Caimanta (C) de Solanum lycopersicum y la entrada LA722(P) de S. pimpinellifolium paraconstruir un mapa de ligamiento genético en la generación F2derivada del cruzamiento entre ellos y comparar la distancia genética entre losprogenitores del cruzamiento respecto a la existente en el germoplasma delcultivo. Se desarrollaron 132 marcadores a partir de la secuencia de C y P. Conlos datos genotipos de la F2, se obtuvo un mapa de ligamiento conuna longitud total de 1.495,6 centimorgan (cM), una distancia promedio entremarcadores consecutivos de 10,3 cM y una distancia máxima de 43,8 cM. Seutilizó la información disponible en bases de datos públicas de 35 genotipos detomate secuenciados para analizar la variabilidad genética. Se caracterizarongenotípicamente C, P y los 35 cultivares seleccionados mediante 229 SNP (polimorfismosde nucleotido simple) distribuidos en regiones no codificantes a lo largo detodo el genoma. El análisis de conglomerados evidenció que C y P representangran parte de la variabilidad genética del germoplasma de tomate y que loscultivares se agruparon de acuerdo a su tipo (silvestres, criollos,tradicionales o contemporaneos). Se concluye que el polimorfismo detectadoentre C y P permitió construir un mapa de ligamiento y determinar que el cruzamientoentre estos genotipos abarca gran parte de la variabilidad genética disponibleen tomate.