POLIMORFISMO EN LA SECUENCIA GENÓMICA COMPLETA ENTRE UN CULTIVAR ARGENTINO Y UNA ESPECIE SILVESTRE DE TOMATE (SOLANUM SPP.)

CAMBIASO, VLADIMIR; PEREIRA DA COSTA, JAVIER H; RODRÍGUEZ, GUSTAVO RUBÉN; PRATTA, GUILLERMO RAUL; PICARDI, LILIANA AMELIA; FRANCIS, DAVID M; ZORZOLI, ROXANA

Mar del Plata

Congreso; XLIV Congreso Argentino de Genética; 2015

Sociedad Argentina de Genética

Actualmente con nuevas técnicasde secuenciación, y teniendo un genoma de referencia, se han conocido lassecuencias de más de 400 genomas en tomates cultivados y silvestres. Elobjetivo del trabajo fue analizar el polimorfismo entre la secuencia genómicadel cultivar argentino Caimanta (C) de S.lycopersicum y la entrada LA0722 (P) de S.pimpinellifolium. El ADN fue secuenciado con el equipo Illumina HiSeq2500.Se obtuvieron para cada genotipo lecturas apareadas de 101 pares de bases (pb)a partir de ambos extremos de cada molécula de ADN. Los programas Bowtie2, Picard y GATK se utilizaronpara alinear ambas secuencias al genoma de referencia, organizar y filtrar lassecuencias por su calidad y detectar las variantes genéticas entre ambosgenomas. Se utilizó VCFTools paratrabajar sobre las listas de polimorfismos encontrados. Se obtuvieron127.746.858 y 132.442.070 lecturas de fragmentos con una profundidad promediode cobertura de 15,35X y 15,79X para C y P respectivamente. Al comparar losgenomas se detectaron 1.081.626 polimorfismos de una sola base (SNP) y 316.430inserciones/deleciones (INDEL) distribuidos en los 12 cromosomas. El cromosomamás polimórfico fue el 8 (130.590 SNP y 37.397 INDEL) y el menos polimórfico elcromosoma 3 (44.480 SNP y 14.765 INDEL). Los resultados permitirán construir unmapa saturado con marcadores de ADN desarrollados en base al polimorfismoencontrado y detectar QTLs en poblacionesderivadas del cruzamiento entre C y P. Se concluye que se ha detectado un altonivel de polimorfismo entre estos dos genotipos para todos los cromosomas.