INVESTIGADORES
PRATTA Guillermo Raul
congresos y reuniones científicas
Título:
Ensamblado de novo del transcriptoma en tres estados de madurez del fruto de la accesión silvestre de tomate Solanum pimpinellifolium LA0722
Autor/es:
CACCHIARELLI, P.; ELIZABETH, TAPIA; GUILLERMO RAUL PRATTA
Lugar:
Buenos Aires (virtual)
Reunión:
Congreso; XLVIII Congreso Argentina de Genética Modalidad Virtual; 2020
Institución organizadora:
SAG
Resumen:
La disponibilidad de solo un genoma de referencia para la mayoría de los cultivos limita elestudio de la expresión génica en especies silvestres comúnmente empleadas comorecursos fitogenéticos. El objetivo fue ensamblar un transcriptoma *de novo* consenso enlos estados verde maduro, pintón y maduro de LA0722 a través del uso de diferentesherramientas bioinformáticas. El ARN total de frutos se extrajo con kit comercial con tresréplicas biológicas y tres réplicas técnicas y se secuenció en laboratorio tercerizado. Lacalidad de las *reads* obtenidas se chequeó con el software FASTQ. Luego, previo alensamblado, se realizó su limpieza con las herramientas rCorrector, trimmomatic ySortMeRNA. Las réplicas de cada estado de madurez se agruparon con los ensambladores*de novo* Trinity y SPAdes y la calidad del ensamblado se chequeó con el softwareBUSCO. En la etapa de limpieza, se descartó entre el 5,59% y el 37,87% de las *reads* enlas librerías obtenidas. En total, para cada estado de madurez se obtuvieron 6 ensambladoscompletos, 3 con el uso de Trinity y 3 con SPAdes. El chequeo de los ensamblajes conBUSCO mostró variabilidad en los transcriptomas, con mayor y menor cobertura frente a*clusters* de genes del clado de las Solanáceas ya preestablecidos en este software. Estacobertura varió entre 4.7% a 5,1% para aquellos ensamblados con SPAdes, y de 73.1% a83.1% para Trinity. Se concluye que este último representar el mejor ensamblado *de novo*para emplear como recurso bioinformático de cobertura y calidad requeridas. (Trabajo premiado)