INVESTIGADORES
PRATTA Guillermo Raul
congresos y reuniones científicas
Título:
Diversidad para sitios de unión a factores de transcripción en secuencias promotoras de sHSPs de expresión diferencial durante la madurez del tomate
Autor/es:
ARCE, D.P.; KRSTICEVIC, F.J.; PONCE, S.D,; TAPIA, E.; PRATTA, G.R.
Lugar:
Corrientes
Reunión:
Encuentro; XXI Reunión Científica del Grupo Argentino de Biometría; 2016
Institución organizadora:
Grupo Argentino de Biometría
Resumen:
Las sHSPs son proteínas de pequeño tamaño que se expresan principalmente ante golpes de calor pero también participan en el estrés oxidativo. Dado que la maduración de los frutos climatéricos representa un estrés oxidativo, se estudió por RNA-seq la expresión de las sHSPs a lo largo de este proceso, detectándose una expresión diferencial durante la maduración del tomate. Para explicar esta expresión diferencial, se buscó en el genoma ensamblado del cv. Heinz las secuencias promotoras de varias sHSPs, detectando en ellas un gran número de sitios de unión de diversos factores de transcripción conocidos. Con el objetivo de identificar cómo la diversidad para los sitios de unión en la secuencia promotora está asociada a la expresión diferencial, se aplicaron en primer lugar un Análisis Discriminante Lineal (ADL) en el que las sHSPs se agruparon según su expresión aumente, disminuya, no varíe o bien no se expresen durante la madurez, y luego un Análisis de Componentes Principales (ACP) en el que se incluyeron sólo los sitios de unión que resultaron significativos sobre la expresión diferencial en el ADL. El primer y segundo eje discriminante explicaron el 92% de la variación, identificándose a los sitios Core y de unión de la transcriptasa y al ácido abscísico, entre otros, como asociados tanto a las sHSPs que no expresan como a las que mantienen una expresión constante. El ACP, si bien sólo explicó entre los dos primeros autovectores un 36% de la variabilidad, detectó la presencia de sitios MYC y de unión al etileno y al factor de choque térmico, entre otros, en las secuencias promotoras de sHSPs que aumentan su expresión. Como conclusión, la diversidad para sitios de unión de factores de transcripción en la secuencia promotora está asociada a la expresión diferencial de las sHSPs durante la maduración del fruto de tomate.