INVESTIGADORES
PRATTA Guillermo Raul
congresos y reuniones científicas
Título:
Interactómica entre transcriptos en dos estados de madurez del fruto de dos genotipos de tomate (Solanum spp.) discrepantes para la calidad
Autor/es:
CACCHIARELLI, P.; ARCE, DÉBORA P.; ELIZABETH, TAPIA; GUILLERMO RAUL PRATTA
Lugar:
Virtual
Reunión:
Congreso; IV Reunión Conjunta de Sociedades de Biología de Argentina - Formato virtual.; 2020
Institución organizadora:
Sociedad de Biología de Cuyo (anfitriona)
Resumen:
Analizando datos del cv. Heinz (H), cuyo genoma y trascriptoma son los de referencia para tomate cultivado (S. lycopersicum), se detectó expresión diferencial durante la madurez del fruto para los transcriptos de dos grupos de pequeñas proteínas de choque térmico (sHSP, small Heat Shock Proteins) localizados en los cromosomas 6 (Chr6) y 9 (Chr9), respectivamente. En los transcriptomas de cv. Caimanta (C, genotipo de tomate cultivado desarrollado en INTA Cerrillos, Salta) y LA722 (P, genotipo de la especie exótica S. pimpinellifolium, recolectado en Trujillo, La libertad, Perú y provisto por el Tomato Genetic Resources Center, UCDavis, EEUU) se verificó la expresión diferencial encontrada en H, detectando adicionalmente variación genotípica respecto a la diversidad fisiológica. Cabe aclarar que C y P son genotipos discrepantes para caracteres de calidad de fruto, empleados como progenitores de numerosas poblaciones de mapeo y mejoramiento genético desarrolladas por nuestro grupo de trabajo. Luego, se construyeron redes interactómicas para las sHSP de Chr6 y Chr9 de H y sus factores de transcripción, detectándose interactores que en conjunto contribuyen a mantener la homeostasis durante el proceso senescente de la madurez del fruto. El objetivo de este trabajo fue construir, en base a la transcriptómica de C y P en los estados Verde Maduro (VM), Pintón (Pi) y Rojo Maduro (RM), las redes interactómicas para las sHSP de Chr6 y Chr9, sus factores de transcripción y los interactores previamente detectados en H. Se trabajó con datos generados en nuestro laboratorio, obtenidos a partir de frutos cosechados sobre plantas crecidas en invernadero con condiciones ambientales totalmente controladas y disponibles para los interesados mediante solicitud electrónica al autor de correspondencia. Las redes interactómicas se construyeron siguiendo métodos bioinformáticos estándares, obteniendo una red para cada genotipo en VM, Pi y RM. Se detectó expresión diferencial entre C y P para los 15 interactores identificados en H. En las redes interactómicas, se encontró que HSP70 (anotada internacionalmente como Solyc03g117630) aumenta su expresión en Pi y RM de C, genotipo en el que ya estaba presente en VM. En P, sin embargo, HSP70 y la ATPasa cloroplastídica FtsH (Solyc02g081550) se inducen solo en Pi. Únicamente el interactor GST (Solyc01g081270) y el factor de transcripción Proteína Nucleolar 12 (Solyc08g076660) reducen su expresión en Pi de P. Estos resultados sugieren que el genoma de P tendría un número más alto de las sHSP de Chr6 y Chr9 que las detectadas hasta el presente, lo que puede explicarse por el hecho de que su genoma se alineó contra la referencia H cuando debería haber sido ensamblado de novo o bien, alineado contra alguna referencia de su misma especie. En conclusión, las redes interatómicas detectadas para las sHSP de Chr6 y Chr9 son distintas entre C y P, lo que implica una regulación diferente de la homeostasis durante el proceso senescente de la madurez y podría explicar la discrepancia entre los frutos de estos genotipos para caracteres de calidad.