INVESTIGADORES
CATALANO Santiago Andres
congresos y reuniones científicas
Título:
Analizando secuencias codificantes en el contexto de parsimonia
Autor/es:
CATALANO, SA
Lugar:
Trelew-Chubut
Reunión:
Otro; VI Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía; 2006
Institución organizadora:
Museo Paleontológico Egidio Feruglio
Resumen:
Aun cuando la mayor parte de los estudios actuales de sistemática molecular a gran escala incluyen principalmente regiones codificantes, no existe hasta ahora un consenso general sobre cómo analizar tales secuencias bajo el criterio de parsimonia. Entre las posibles maneras se encuentran: i- tratarlas del mismo modo que secuencias no codificantes; ii-  traducirlas y analizarlas como secuencias de aminoácidos; iii- analizar conjuntamente ambos “tipos de caracteres”. El presente trabajo busca revisar los argumentos a favor y en contra de cada visión, proponiendo un nuevo modo de análisis. En contraposición a tratar nucleótidos y aminoácidos como caracteres diferentes, este nuevo método inscribe el problema como uno de costos de transformación entre estados. En el caso de secuencias codificantes el comportamiento de determinadas sustituciones nucletodícas estaría influenciado por el contexto próximo en las cuales éstas ocurren: el codón. Así una manera alternativa de abordar ver este problema sería considerar a los codones como caracteres, y asignar costos de transformaciones entre estados que dependan del número y la naturaleza de las sustituciones nucleotídicas. El análisis propuesto sería más inclusivo que los previamente planteados ya que variando los costos de transformación se pueden obtener resultados equivalentes a tratar las secuencias como nucleótidos ó como aminoácidos. Se discuten algunos resultados empíricos preliminares y posibles límites a la asignación de costos de transformación. El principal problema práctico encontrado es la lentitud del procesamiento asociado a utilizar una matriz de costos de 64 por 64 estados.