GB-TO-TNT: FACILITANDO LA CREACIÓN DE MATRICES A PARTIR DE ARCHIVOS GENBANK

CATALANO, SANTIAGO ANDRÉS; GOLOBOFF, PA

Mendoza

Congreso; X Reunión de Cladística y Biogeografía; 2012

Presentamos un nuevo programa, denominado GB->TNT, para crear matrices moleculares partiendo de archivos de formato GenBank y finalizando con la generación de matrices en formato TNT que incorporan toda la información taxonómica en el nombre de los terminales. GB->TNT está diseñado para extraer una determinada región genómica de un conjunto de secuencias presentes en un archivo con formato GenBank. El usuario define la región genómica a ser extraída y varios filtros (genoma, largo de la secuencia, grupo taxonómico, etc.); cada región genómica representa un bloque diferente en la matriz final de TNT. GB->TNT primero genera archivos formato Fasta a partir de los archivos formato GenBank, luego crea un alineamiento a partir de cada uno de estos (llamando a un programa de alineamiento) y finalmente genera una matriz de TNT que incluye todos los alineamientos generados. La nueva versión de TNT puede utilizar toda la información taxonómica contenida en el nombre de los terminales, permitiendo una diagnosis sencilla de los resultados, la evaluación del ajuste entre los árboles obtenidos y la taxonomía, y etiquetar automáticamente o colorear las ramas del árbol en función del grupo taxonómico al cual pertenecen.