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Os dois maiores felinos neotropicais vêm sofrendo diversas ameaças à sua sobrevivência devido à perseguição humana, comércio ilegal de peles, caça esportiva e decorrente alteração e fragmentação de seus habitats naturais. Conseqüentemente, encontramos estas espécies listadas no Apêndice I da CITES e na lista de espécies ameaçadas de extinção da IUCN. Para uma melhor compreensão da biologia de espécies ameaçadas é de extrema importância o uso de amostras não invasivas como fonte de DNA para análises genéticas, não sendo necessário capturar o animal ou até mesmo observá-lo. Desta maneira, a identificação correta de amostras não-invasivas coletadas em campo é fundamental para que estas possam ser usadas em estudos de diversidade genética e estruturação populacional. O presente trabalho tem por finalidade identificar corretamente, com base em seqüências de DNA, amostras de fezes de grandes felinos coletadas em campo. Neste estudo foram utilizadas 30 amostras conhecidas de onça-pintada (Panthera onca), sendo 15 de sangue, 12 fecais, duas de pêlos e uma de pele. Também foram utilizadas oito amostras de sangue de puma (Puma concolor) e uma amostra de fezes de gato doméstico (Felis catus). As amostras são provenientes de diferentes regiões para que se abrangesse ao máximo a distribuição de cada espécie. Além de amostras cuja espécie é conhecida, também foram coletadas 10 amostras fecais em campo provenientes de um felino grande para a identificação. A análise foi realizada em conjunto com uma seqüência de Felis catus, uma de Acinonyx jubatus e uma de Lynx canadensis disponíveis no GenBank. O DNA fecal foi extraído utilizando-se o QIAamp DNA Stool Mini Kit (Qiagen). Foram seqüenciados 119 pb do gene mitocondrial ATP6 resultando em 32 sítios polimórficos, dos quais 23 são informativos. Reconstruções filogenéticas posicionaram todas as amostras conhecidas no clado esperado. Seis amostras de campo identificadas como sendo de felino grande formaram um agrupamento juntamente com as amostras de puma, indicando serem de Puma concolor. Outras duas amostras fecais desconhecidas agruparam-se com as seqüências de onça-pintada. Entre todos os indivíduos de onça-pintada não foram observados sítios variáveis; enquanto que apenas uma amostra identificada como puma apresentou um sítio variável em relação a todas as outras amostras desta espécie. Por outro lado, ocorreram18 sítios distintos entre estas duas espécies simpátricas, sendo 14 transições e quatro transversões. Portanto, podemos concluir que este segmento curto do DNA mitocondrial é viável e eficiente para a identificação destes felinos a partir de amostras não invasivas coletadas em campo.

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