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El algodón es un cultivo regional clave en el Noreste de Argentina, siendo la cadena agroindustrial fundamental en el aspecto económico y social de la región. La enfermedad azul es la principal enfermedad de origen viral del algodón en Argentina y Brasil y representa un serio problema para la producción debido a las elevadas pérdidas de rendimiento del cultivo. La enfermedad azul es producida por el cotton leafroll dwarf virus (CLRDV) y los síntomas característicos de la enfermedad son enanismo de la planta, enrollamiento de las hojas que presentan textura coriácea con coloración verde oscura-azulada y clorosis de las nervaduras. El virus es transmitido en forma circulativa y no propagativa por el pulgón del algodón Aphis gossypii, no siendo posible su transmisión mecánica. En la actualidad la enfermedad es controlada con la siembra de variedades de algodón resistentes y la aplicación de insecticidas. Los virus de RNA, como el CLRDV, experimentan una alta tasa de cambio genético. La mayoría de estos eventos ocurren en los reservorios de los virus en el campo, y la persistencia en los hospedantes silvestres posibilita la constante evolución de los mismos y la selección de nuevas variantes virales. En los últimos años, tanto en Brasil como en Argentina, surgieron variantes del CLRDV que se manifestaron con distinta sintomatología en las plantas de algodón.En las campañas algodoneras de 2009/10/11 se detectó por primera vez, en la provincia de Chaco, una nueva virosis tanto en variedades de algodón susceptibles como resistentes al CLRDV. El genoma de este virus fue secuenciado y propuesto como una variante atípica del CLRDV denominada cotton leafroll dwarf virus-atypical (CLRDV-at). El CLRDV-at está muy relacionado al CLRDV, pero establece una infección más suave con síntomas diferentes a la enfermedad azul. Las plantas afectadas por el CLRDV-at tienen reducción en la calidad y cantidad de fibra y en el número de semillas por cápsula. Además, presentan una mala defoliación que durante la cosecha produce que las hojas senescentes sean recolectadas junto con los capullos, afectando la calidad del producto y reduciendo su valor comercial. Desde la campaña del 2010, la nueva enfermedad se dispersó a las principales áreas de cultivo del algodón, transformándose en un serio problema debido a que todas las variedades que se siembran actualmente son susceptibles al CLRDV-at y no se han identificado hasta el momento variedades resistentes o tolerantes a la infección. Por otro lado, durante el monitoreo anual realizado en las campañas 2016/17 se detectaron, en distintas regiones de Chaco, plantas de algodón (de variedades resistentes al CLRDV y de materiales del programa de mejoramiento), con síntomas compatibles con una infección viral, pero diferentes a los causados por el CLRDV o CLRDV-at. En algunas plantas se observó clorosis internerval en las hojas de la zona apical mientras que en otras plantas se observaron síntomas de mosaico en las hojas. Con el objetivo de identificar el/los patógeno/s se realizaron amplificaciones con primers diagnóstico que detectan virus pertenecientes al género Polerovirus y con primers sobre la región más variable de los polerovirus que corresponde a la proteína P0. En ambas muestras se observó amplificación de los fragmentos esperados, mostrando la presencia de polerovirus. La aparición en los últimos años de nuevas variantes del CLRDV en la región plantean un desafío para el manejo del cultivo, y muestran la necesidad de implementar medidas de control integrado para minimizar los daños que puedan producir en el cultivo.