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La Fiebre Aftosa es la enfermedad económicamente más relevante que afecta al ganado doméstico en Sudamérica. El agente etiológico que la produce es el Virus de la Fiebre Aftosa (VFA). El VFA pertenece a la familia Picornaviridae y presenta una longitud aproximada de 8000 bases. Su genoma está compuesto por una cadena simple de ARN y se presenta, como otros virus de ARN, en forma de cuasiespecies, heterogeneidad genética de la población viral dentro de una muestra determinada. El objetivo de este trabajo es comparar distintas alternativas de procesamiento de las muestras del VFA para obtener su secuenciación profunda y conocer la variabilidad de las cuasiespecies en cada posición del genoma. Se utilizó una limitada cantidad de muestras de cultivos celulares y de campo y se realizaron tres metodologías de procesamiento de dichas muestras. Síntesis de ADNc doble cadena, síntesis de ADNc simple cadena + 2 PCR largas (4,5 kb), o síntesis de ADNc simple cadena + 7 PCR cortas (0,5-2,1 kb). Todas las muestras fueron secuenciadas con la tecnología de Illumina, en un equipo MiSeq. Se utilizaron los programas FastQC y Trim Galore para verificar la calidad de las secuencias y realizar la eliminación de adaptadores y lecturas de baja calidad. El ensamble se realizó contra un genoma de referencia utilizando el programa Bowtie 2 y finalmente la secuencia consenso fue establecida a través del Bcftools.Se compararon distintos parámetros de las muestras como la carga viral, el material genómico purificado, la cantidad de lecturas obtenidas, la profundidad promedio y por posición y la cantidad de polimorfismo hallados. De esta manera se analizaron las posibilidades, ventajas y desventajas de cada estrategia. La variabilidad de las cuasiespecies es un mecanismo que le permite a los virus no solo escapar de la respuesta inmune del animal, sino también cambiar el rango de hospedador y modificar su virulencia, por eso resulta fundamental poner a punto metodologías para su estudio.