Selección genómica en Eucalyptus dunnii: comparación de predicciones obtenidas empleando una estrategia de Genotipado por secuenciación y el sistema comercial de SNP EuChip60K

MARTINEZ, M.C.; AGUIRRE N. C., VILLALBA P. V., FILIPPI C. V., RIVAS J. G., GARCÍA M. N., ACUÑA C. V.; LÓPEZ J. A., LÓPEZ A. J., PATHAUER P.S., PALAZZINI D.A., HARRAND L., OBERSCHELP J., MARCÓ M., CISNEROS E. F., CARRERAS R., RODRIGUES J., CAPPA E. P., PANIEGO N. B., HOPP H. E., GRATTAPAGLIA D., MARCUCCI POLTRI S. N.

Buenos Aires

Simposio; XIII Simposio REDBIO Argentina Virtual; 2021

Eucalyptus dunnii Maiden ha cobrado mayor relevancia a nivel mundial en los últimos años por combinar crecimiento, rectitud de fuste y buenas cualidades para pulpa para papel con potencial para otros usos; siendo una alternativa en áreas templadas y con mayor frecuencia de heladas.En Argentina, el INTA desde 1991 cuenta con un Programa de Mejoramiento Genético para la especie de amplia base genética y actualmente ofrece al sector productivo semilla mejorada localmente para crecimiento y rectitud de fuste. La estrategia de Selección Genómica (SG) permite predecir fenotipos a partir de modelos que emplean datos genómicos y fenotípicos (GBLUP) e incluyendo el pedigrí (ssGBLUP).En este trabajo se genotiparon 280 árboles de una población de E. dunnii de 1520 árboles, aplicando un sistema comercial de 60.000 SNPs (EuChip60K) y una estrategia de Double digest Restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) puesta a punto para esta especie en particular; obteniendo 8.170 (ddRADSeq) y 19.045 (EUChip60K) SNPs (datos perdidos por SNP 0,01, LD: r2>0,2).Se compararon los desempeños de ambas metodologías de genotipificación para GBLUP y ssGBLUP sobre 14 caracteres relacionados con crecimiento y propiedades químicas de la madera. Para cada modelo se aplicaron 10 validaciones cruzadas (90:10) y se compararon (pruebas t pareadas, p