IMTIB   27019
INSTITUTO DE MEDICINA TRASLACIONAL E INGENIERIA BIOMEDICA
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Proyecto MAGenTA: Mapa de la Accionabilidad Genómica Tumoral Argentina. Medicina de Precisión
Autor/es:
OLIVER J; PAVICIC WH; MINATTA N; FRANCO ALEJANDRA; MULLEN L; RISK MR; DALURZO L; BENITEZ S; DIAZ DE ARCE H; MAYORDOMO AC; JAUK VITALI F; HERRERA V; CAYOL F; BRUNNER M; ORTEGA L; GARCIA RIVELLO H
Lugar:
CABA
Reunión:
Congreso; Congreso Argentino de Patología; 2020
Institución organizadora:
Sociedad Argentina Patología
Resumen:
INTRODUCCIÓN:La medicina de precisión es un nuevo paradigma de atención médica orientado a la utilización de biomarcadores para obtener el máximo rédito diagnóstico y terapéutico para cada paciente. Los adelantos en la genómica con técnicas de secuenciación masiva paralela (next-generation sequencing o NGS) han favorecido la comprensión de la biología tumoral, dando pié al desarrollo de terapias dirigidas. El enfoque del análisis genómico mediante NGS permite la detección de biomarcadores diagnósticos, pronósticos, predictivos y de seguimiento para elaborar estrategias terapéuticas costo-efectivas. En Argentina existen escasos datos sobre alteraciones genómicas en tumores sólidos, incluyendo estudios de genes únicos o paneles en cohortes pequeñas.OBJETIVOS:Obtener datos sobre la prevalencia de variantes genómicas relevantes en tumores sólidos en población argentina.Desarrollar una plataforma de medicina de precisión en oncología enfocada en la detección de alteraciones genómicas relevantes, particularmente aquellas accionables, y ponerla a disposición de la comunidad.MATERIAL Y MÉTODOSSe seleccionaron pacientes con tumores sólidos agrupados según patología (carcinomas de pulmón células no pequeñas, tiroides, mama, colorrectal, ovárico, urotelial, endometrial, pancreático, melanoma, gliomas, sarcomas y misceláneos) con datos en historia clínica electrónica y material adecuado para estudios moleculares.Se recabaron datos clínicos en base de datos REDCap.Se realizó NGS con panel Oncomine Focus en Ion PGM/S5-Plus a partir de ADN/ARN extraídos de material fijado en formol e incluido en parafina. Se priorizaron y seleccionaron variantes con relevancia clínica.Se integraron datos genómicos y clínicos en plataforma de visualización cBioportal.RESULTADOSSe incluyeron 186 pacientes de entre 0 y 90 años de edad en base a los grupos tumorales descriptos anteriormente, con relación femenino:masculino de 1,5:1.33 pacientes en estadio I, 37 en estadio II, 37 en estadio III, 50 en estadio IV, 23 pacientes sin datos.Se detectaron entre 0 y 4 alteraciones genómicas clínicamente relevantes por paciente con el panel estudiado (incluyendo variantes de nucleótido único, inserciones/deleciones pequeñas y fusiones génicas), con un promedio de 0,91 alteraciones por paciente.A nivel de ADN se detectaron un total de 154 variantes (126 pacientes) en 28 genes. Los genes con mayor prevalencia de variantes fueron KRAS(30 casos), BRAF(25 casos), PIK3CA(18 casos). 10 de los 35 genes incluidos en el panel (ADN) no mostraron variantes clínicamente relevantes.A nivel de ARN se detectaron 11 fusiones génicas (11 pacientes). Los genes con presencia de fusiones fueron: ALK(5 casos), ROS1(2 casos), BRAF, MET NTRK3 y RET(1 caso cada uno). 17 de los 23 genes incluidos en el panel (ARN) no mostraron fusiones.Se detectó más de una variante a nivel de ADN y/o ARN en 34 pacientes. La integración entre datos genómicos y clínicos se volcó con éxito a plataforma de visualización cBioportal.CONCLUSIONESEn esta etapa del proyecto se estudiaron alteraciones genómicas clínicamente relevantes en 186 tumores sólidos para desarrollar una plataforma escalable de medicina de precisión en oncología. La información clínica-genómica se encuentra actualmente a disposición de la comunidad (https://magenta.hospitalitaliano.org.ar/cbioportal/).La siguiente etapa del proyecto incluye la adición de un mayor número de pacientes y la incorporación de datos de ancestría.