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Construir una red trófica es un gran desafío por la cantidad de información que se necesita para lograr una adecuada representación de ?quien se alimenta de quien? en un sistema dado. Esta información proviene de estudios que describen y cuantifican la dieta de las especies en forma individual mediante una variedad de métodos directos o indirectos. Estos métodos abarcan la observación visual de eventos de alimentación, contenidos gástricos, regurgitados, deposiciones o egagrópilas; el estudio molecular de contenidos gástricos o deposiciones mediante secuenciación de ADN o inmunoensayos; la caracterización de biomarcadores como ácidos grasos, esteroles o pigmentos presentes en tejidos del consumidor y la determinación de las composiciones isotópicas de C, N y S en tejidos o moléculas específicas. La información que proporciona cada metodología varía en diversos aspectos. Algunos muestran lo consumido, otros lo digerido y otros lo asimilado y no respirado. La resolución taxonómica máxima posible no es igual para todos; y además, es dependiente de la existencia de información previa sobre los organismos consumidos (catálogos de partes duras, genotecas, perfiles de ácidos grasos raros o determinaciones isotópicas de presas potenciales). El canibalismo, comportamiento común en ambientes acuáticos, no es posible detectarlo por todos los métodos. La resolución temporal de cada método varía desde instantánea a integrando todo la vida del consumidor. Ello hace que se deba actuar con precaución al integrar información siendo conscientes de estas diferencias y de cómo podrían afectar la topología de la red que se está construyendo. Sin embargo construir una red utilizando información obtenida por un único método es muy difícil siendo la aplicabilidad de cada método dependiente de las características intrínsecas del modo de alimentación de cada consumidor y del medio donde habita (acuático o terrestre).