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En un híbrido de reproducción asexual como banana (Musa spp.) la evaluación de clones a corto plazo se ve limitada por no disponer del número adecuado de repeticiones. Con el objetivo de caracterizar una población de clones de banana para establecer criterios para la conformación de un banco de germoplasma de banana, se aplicó la técnica de Análisis Factorial Múltiple Mixto (AFMmix) a una población compuesta por 124 clones de banana recolectados en diferentes campos de productores y por 4 testigos de uso comercial. Se construyó un índice de selección (IS) a partir de las coordenadas del AFMmix de forma de ordenar a los clones y poder seleccionar un subconjunto de los mismos que permita conservar la variabilidad genética existente. Se evaluaron 2 grupos de variables relacionados con la aptitud agronómica de los clones, uno conformado por 9 variables fenotípicas cuantitativas y elotro por 3 variables fenotípicas cualitativas. Los dos primeros ejes del AFMmix explicaron un 49,47% de la variabilidad total de los datos. Los atributos cuantitativos que más contribuyeron a la formación del primer eje fueron altura y diámetro de la planta, peso del raquis y peso de manos. Los caracteres cualitativos que más aportaron a dicho eje fueron tamaño de racimo y prolificidad de la mano. En el segundo eje no se observaron contribuciones considerables de las variables cuantitativas, sin embargo, sí lo hizo el carácter cualitativo foliosidad. En efecto, mediante la técnica de AFMmix se logró caracterizar al conjunto de clones de banana por los caracteres cuantitativos y cualitativos. Esto posibilitó identificar los clones de manera tal que permite determinar un subconjunto que presente la mayor diversidad teniendo en cuenta ambos tipos de caracteres.