Ensamblado de novo del transcriptoma en tres estados de madurez del fruto de la accesión silvestre de tomate Solanum pimpinellifolium LA0722

PRATTA, GUILLERMO R.; CACCHIARELLI, PAOLO; TAPIA, ELIZABETH

Buenos Aires

Congreso; XLVIII Congreso Argentino de Genetica; 2020

Sociedad Argentina de Genetica

La disponibilidad de solo un genoma de referencia para la mayoría de los cultivos limita el estudio de la expresión génica en especies silvestres comúnmente empleadas como recursos fitogenéticos. El objetivo fue ensamblar un transcriptoma *de novo* consenso en los estados verde maduro, pintón y maduro de LA0722 a través del uso de diferentes herramientas bioinformáticas. El ARN total de frutos se extrajo con kit comercial con tres réplicas biológicas y tres réplicas técnicas y se secuenció en laboratorio tercerizado. La calidad de las *reads* obtenidas se chequeó con el software FASTQ. Luego, previo al ensamblado, se realizó su limpieza con las herramientas rCorrector, trimmomatic y SortMeRNA. Las réplicas de cada estado de madurez se agruparon con los ensambladores *de novo* Trinity y SPAdes y la calidad del ensamblado se chequeó con el software BUSCO. En la etapa de limpieza, se descartó entre el 5,59% y el 37,87% de las *reads* en las librerías obtenidas. En total, para cada estado de madurez se obtuvieron 6 ensamblados completos, 3 con el uso de Trinity y 3 con SPAdes. El chequeo de los ensamblajes con BUSCO mostró variabilidad en los transcriptomas, con mayor y menor cobertura frente a *clusters* de genes del clado de las Solanáceas ya preestablecidos en este software. Esta cobertura varió entre 4.7% a 5,1% para aquellos ensamblados con SPAdes, y de 73.1% a 83.1% para Trinity. Se concluye que este último representar el mejor ensamblado *de novo* para emplear como recurso bioinformático de cobertura y calidad requeridas.