IICAR 25568
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES EN CIENCIAS AGRARIAS DE ROSARIO
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Diseño de una arquitectura en pipeline para la descarga y dnálisis de decuencias de promotores en Solanum lycopersicum
Autor/es:
ANGELONE, L.; PISTILLI, A.D.; ARCE, D.P.; PRATTA, G.R.
Lugar:
Córdoba
Reunión:
Congreso; SABI 2017, XXI Congreso Argentino de Bioingeniería y X Jornadas de Ingeniería Clínica; 2017
Institución organizadora:
Sociedad Argentina de Bioingeniería
Resumen:
Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con los programas MEME y TOMTOM. El código está disponible en www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software de control de versiones. Se combina el uso de threads en Python, expresiones regulares y base de datos SQLite para que conjuntamente disminuyan el tiempo de descarga de los promotores y optimicen la utilizaci´on de recursos inform´aticos. La metodología que presenta este trabajo es potencialmente aplicable a otras áreas biológicas.
