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La técnica de cDNA-AFLP permite una cuantificación temporal de la expresión génica de la especie en estudio, sin necesidad de conocer previamente su genoma. Esta metodología genera entre 100 y 4000 fragmentos derivados de transcriptos (TDF en inglés). Aquellos TDF que resulten diferenciales (DETDF en inglés), serán posteriormente secuenciados para su análisis funcional. Durante la caracterización por cDNA-AFLP se requiere de la ligación de adaptadores a sitios generados por en-zimas de restricción para su posterior amplificación por PCR. Una vez obtenidos los DETDFs, se debe aumentar su concentración para su posterior secuenciación, lo cual se puede lograr por dos vías: 1- El DETDF de interés es re-amplificado por PCR. 2- El DETDF de interés es clonado en un vector. En ambos casos, una vez obtenidas las secuencias completas, a las mismas se les deben eliminar los cebadores, (ya que no pertenecen a la especie en estudio) para su posterior análisis funcional. Independien-temente de la vía utilizada para incrementar la concentración de los DETDFs, el proceso involucra el análisis de cada secuencia individualmente y se debe copiar y pegar en un nuevo archivo el fragmento que ha quedado entre los cebadores. Lla-mamos a este nuevo fragmento ?secuencia limpia?. Para limpiar las secuencias gene-radas por la vía 1 en general se utilizan software pagos y para la vía 2 el software que se utiliza es de libre acceso (VecScreen de NCBI), aunque requiere de conexión a internet. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar una herramienta de uso libre que permitiera la limpieza de un gran número de secuencias de forma rápida y au-tomatizada, sin necesidad de conexión a internet, ni del análisis individual de secuen-cias. Como resultado, utilizando el software libre R, se desarrolló la función ?Prime-rRemove? que permitió la limpieza de las secuencias obtenidas por la técnica de cDNA-AFLP de manera gratuita, correcta, rápida, automatizada y sin conexión a internet.