POLIMORFISMOGENÓMICO DETECTADO POR NGS Y SU APLICACIÓN EN UN PROGRAMA DE MEJORAMIENTO DE TOMATE (SOLANUM spp.)

CAMBIASO, V.; PRATTA, G.R.; PEREIRA DA COSTA, JH; ZORZOLI, R.; PICARDI, L.A.; RODRÍGUEZ, G.R.

Rosario

Simposio; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; 2017

Desde la obtención del genoma de referencia en tomate se han secuenciado más de 400 genotipos cultivados y silvestres. El objetivo del trabajo fue utilizar el polimorfismo genómico detectado entre el cultivar Caimanta (C) de Solanum lycopersicum y la entrada LA722 (P) de S. pimpinellifolium para construir un mapa de ligamiento genético en la generación F2 derivada del cruzamiento entre ellos y comparar la distancia genética entre los progenitores del cruzamiento respecto a la existente en el germoplasma del cultivo.Se desarrollaron 132 marcadores a partir de la secuencia de C y P. Con los datos genotipos de la F2, se obtuvo un mapa de ligamiento con una longitud total de 1.495,6 centimorgan (cM), una distancia promedio entre marcadores consecutivos de 10,3 cM y una distancia máxima de 43,8 cM.Se utilizó la información disponible en bases de datos públicas de 35 genotipos de tomate secuenciados para analizar la variabilidad genética. Se caracterizaron genotípicamente C, P y los 35 cultivares seleccionados mediante 229 SNP (polimorfismos de nucleotido simple) distribuidos en regiones no codificantes a lo largo de todo el genoma. El análisis de conglomerados evidenció que C y P representan gran parte de la variabilidad genética del germoplasma de tomate y que los cultivares se agruparon de acuerdo a su tipo (silvestres, criollos, tradicionales o contemporaneos). Se concluye que el polimorfismo detectado entre C y P permitió construir un mapa de ligamiento y determinar que el cruzamiento entre estos genotiposabarca gran parte de la variabilidad genética disponible en tomate