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El coipo es un roedor originario de Sudamérica e introducido en varios países; presentacostumbres semiacuáticas y su dispersión está asociada a los cursos de agua en loscuales encuentra refugio y alimento. Debido a que muchos pobladores ruralesconsideran al coipo una plaga de sus cultivos, la especie se encuentra en peligro enciertas zonas de la Argentina, donde la tendencia poblacional va en detrimento. Laregión pampeana es el área más transformada y fragmentada del sur de Sudamérica,esta fragmentación produce el aislamiento de las poblaciones y la disminución de lavariabilidad genética, como consecuencia de la deriva. A pesar de ser una de las especiesmás representativas de nuestro país, los estudios genéticos en coipos son escasos. Porello, el objetivo del presente trabajo fue analizar la variabilidad y estructura genética decuatro poblaciones de coipos ubicadas en la cuenca del Río Luján. A partir de muestrasde 129 individuos provenientes de 4 sitios estudiados (rango de n= 10-53; rango dedistancia entre sitios= 4-25 km), caracterizamos el genotipo multilocus de microsatélitespara 16 loci, evaluamos la existencia de estructuración poblacional mediante AnálisisMoleculares de la Varianza (AMOVAs) y un análisis de asignación bayesiana usando elsoftware TESS. Se encontraron valores de variabilidad genética moderados, con riquezasalélicas entre 2,69 y 5,37. La heterocigosidad observada fue en todos los casos mayorque la esperada. Los resultados del AMOVA exhibieron estructuración poblacionalsignificativa entre los sitios analizados. Los resultados del TESS mostraron la presenciade tres agrupamientos genéticos dependientes de la ubicación geográfica de los coiposmuestreados. Además, los individuos de uno de los sitios muestrales no fueronasignados a ninguno de los agrupamientos genéticos; sugiriendo que el reclutamientoen dicha población sería consecuencia del movimiento de individuos desde el Río Luján,como lo sugieren estudios previos.