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La madrecita de agua, Cnesterodon decemmaculatus, es una especie comúnmente utilizada como bioindicador y organismo prueba en bioensayos de ecotoxicidad. Sin embargo, poco se conoce acerca de la diversidad y estructura genética de sus poblaciones. En este trabajo, se analizó en forma preliminar la diversidad y estructura genética de C. decemmaculatus en poblaciones del noreste de la Provincia de Buenos Aires y en una población cultivada artificialmente en laboratorio. Se analizó un total de 27 individuos obtenidos en las nacientes del Río Reconquista (R1, n =8), 18 km aguas abajo en la cuenca media de dicho río (R2, n =5), en el Arroyo Las Flores (LF, n = 7) perteneciente a la cuenca del río Luján y en la población artificial (PA, n = 7). Para cada uno de ellos se obtuvo una secuencia de 715 pb de la región control del ADN mitocondrial. Posteriormente, se calculó la diversidad haplotípica (H) y nucleotídica (π) en cada población, se realizó un Análisis de Varianza Molecular (AMOVA) y se construyó una red haplotípica. Se obtuvieron 3 haplotipos determinados por 16 sitios polimórficos. Los haplotipos 01 y 02 estuvieron presenten en todas las poblaciones, mientras que el 03 sólo estuvo presente en R1. Los valores de H obtenidos variaron entre 0,476 para LF y 0,607 para R1, mientras que π varió entre 0,009 para LF y 0,012 para R2. Los resultados del AMOVA fueron no significativos (ФST = 0,055; P = 0,67). En conjunto, los resultados preliminares obtenidos sugieren que los individuos colectados a campo conformarían una única población no estructurada geográficamente que mantendría una diversidad genética moderada a alta. A su vez, la población artificial sería una buena representación de la población natural, ya que ambas presentan una diversidad genética similar y no se diferencian genéticamente