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Se presentan dos tipos de indicadores ecológicos que analizan el funcionamiento del sistema en su conjunto. Estos son los que se obtienen a partir de las estimaciones de metabolismo de un tramo de río o arroyo y los que se obtienen a partir de la descomposición. Se explican someramente ambas metodologías y se presenta un ejemplo de utilización comparando tramos de arroyos antes y después de atravesar pequeñas ciudades. Se recomienda la utilización de este tipo de indicadores como método rápido y de relativo bajo costo que informa de las características de los ecosistemas. Se advierte que si bien permiten explicar cambios en el ecosistema, dichos cambios se producen por la interacción de muchos factores y pueden ser sintetizados por los indicadores funcionales.