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Actualmente, el autoensamblaje de moléculas ha mostrado ser una estrategia efectiva para manipular la propiedades electrónicas de metales.Las moléculas autoorganizadas en una red porosa, funcionan como una barrera de potencial que es capaz de confinar los electrones libres de lasuperficie de los metales, cambiando así, su estructura de banda. Este enfoque, ha inspirado el estudio de moléculas orgánicas en grafeno,como una posible ruta para modificar sus propiedades eléctricas. Sin embargo, a pesar de la importancia de las redes porosas en grafeno, aúnhace falta un claro entendimiento del autoensamblaje de estas moléculas en grafeno. En este trabajo presentamos los resultados de lamodelización del autoensamblado de moléculas orgánicas de Di-carbonitrilo-polifenilo (NC-Ph n-CN, donde n=3 y 6) y cobalto (Co) sobre unahoja de grafeno. Los resultados teóricos desde la teoría de la funcional densidad (DFT), dan cuenta de la diferencia de periodicidad ycompetencia entre las interacciones no covalentes que dirigen el autoensamblado de redes, al modificar las longitudes de las moléculasorgánicas (NC-Ph3-CN y NC-Ph6-CN con longitudes de 16.8 A y 29.6 A, respectivamente). Todas las redes modeladas tienen un número decoordinación 4, con centros de cobalto en los nodos. Se reportan los resultados de energía de enlace, transferencia de carga y distancias deadsorción. Los resultados teóricos que modelan las configuraciones adoptadas, son acordes a los resultados experimentales y resultan unavance considerable en nuestro entendimiento del autoensamblaje molecular en grafeno.