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El género Philornis comprende alrededor de 50 especies de moscas con diferentes hábitos larvarios, todos ellos relacionados con nidos de aves altriciales y siendo el parasitismo subcutáneo el hábito larval más común. La identificación morfológica de los especímenes de Argentina es problemática debido a falencias en la descripción de las especies y en las claves taxonómicas disponibles. Resultados previos han demostrado que especímenes provenientes del centro de nuestro país morfológicamente identificados como Philornis torquans o Philornis seguyi poseen secuencias ITS2 idénticas. Sin embargo, estas secuencias difieren entre las regiones estudiadas sugiriendo la presencia de un complejo de especies cripticas. Los marcadores genéticos son una herramienta útil para esclarecer estos complejos de especies parásitas, siendo en este caso relevante para la conservación de numerosas especies de aves en peligro. En consecuencia, el objetivo de este trabajo fue el de analizar la diversidad genotípica del género Philornis en Argentina. Se recolectaron muestras de Philornis en 17 localidades correspondientes a 11 provincias, las cuales fueron sometidas a análisis moleculares de los genes COI, ND6, 12S e ITS2. Los arboles filogenéticos confeccionados para cada marcador fueron coincidentes entre sí y mostraron evidencia de la presencia de 4 genotipos de Philornis subcutáneas. Tres de estos genotipos correspondieron a los previamente reportados mediante el uso de ITS2, hallándose un cuarto genotipo en la región oriental de la provincia de Entre Ríos. Se pudo corroborar la existencia de dos regiones simpátricas, una en la costa del río Uruguay (Entre Ríos) y otra en las cercanías de la ciudad de La Plata (provincia de Buenos Aires). La recolección de muestras permitió además establecer la presencia de Philornis downsi hasta el sureste de la provincia de Entre Ríos; confirmando así su carácter de especie residente en Argentina.