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Alrededor del mundo existen numerosas especies de aves con poblaciones pequeñas constituidas por un número reducido de parejas reproductoras. En algunos casos esto ocurre naturalmente, por ejemplo en poblaciones adaptadas a hábitats muy escasos y fragmentados; mientras que en otros casos es consecuencia de efectos antrópicos como la destrucción del hábitat, la contaminación o la introducción de especies. La continuidad de dichas poblaciones posee problemas relacionados con el reclutamiento, el comportamiento de dispersión y otros aspectos demográficos de estas especies. Adicionalmente, estas poblaciones pequeñas pueden estar también afectadas por enfermedades o parásitos cuyos efectos pueden ser devastadores. Aquí revisamos los efectos de la mosca parásita del género Philornis en especies amenazadas de la región Neotropical. Inicialmente, presentamos el efecto que tuvo la introducción de Philornis downsi en las poblaciones de aves terrestres de las Islas Galápagos; enfatizando el caso del pinzón de manglar (Camarhynchus heliobates) del cual quedan entre 50 y 80 individuos. A continuación, presentamos datos de parasitismo de Philornis pici sobre el gavilán de la española (Buteo ridgwayi, 300 a 350 individuos) en República Dominicana y sobre el gavilán de la sierra (Accipiter striatus vennator, < 100 individuos) en Puerto Rico. Finalmente, presentamos las especies de aves hospedadoras de Philornis spp. en Argentina, con particular énfasis en especies con poblaciones reducidas como la del cardenal amarillo (Gubernatrix cristata). En resumen, de todos estos casos se puede concluir que la presencia y el parasitismo de Philornis es otro efecto perjudicial a tener en cuenta en poblaciones de aves pequeñas y fragmentadas. Por lo tanto, es relevante determinar la presencia de Philornis en los nidos de nuestras especies, en especial aquellas amenazadas o en peligro.