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Ciertas tendencias en la sistemática filogenética contemporánea, como la sobrevaloración de evidencia molecular y valores de bootstrap, o el mapeo de morfología en topologías moleculares, fueron cuestionadas por varios autores. Estas prácticas son aquí evaluadas en la taxonomía de los botropoides Sudamericanos, un grupo diverso de serpientes de foseta que habitan en todo el continente. Recientemente, un re-arreglo genérico fue propuesto para estas serpientes venenosas, basado en un análisis combinado de morfología y ADN mitocondrial. Los resultados de ese estudio muestran incongruencias con el análisis de la morfología sola, y las diagnosis incluyen características osteológicas como sinapomorfías, cuando esos caracteres no fueron analizados en la mayoría de los taxa. Para evaluar esta clasificación, llevamos a cabo un análisis filogenético de especies botropoides representativas, usando un dataset morfológico basado en la examinación de 110 caracteres. Evidencia morfológica y molecular, de 4 genes mitocondriales (2326 pb), son analizadas separadamente y en combinación, e incluyendo 5 caracteres etológicos, mediante el programa TNT 1.1. Un análisis de sensitividad, usando diferentes esquemas de pesado, fue utilizado para evaluar la congruencia entre los diferentes dataset y entre los análisis alternativos. Adicionalmente, se hicieron cálculos del test ILD entre las particiones del análisis, así como del soporte de Bremer particionado. Los resultados muestran que la clasificación propuesta para los botropoides Sudamericanos es inestable. Existe una fuerte incongruencia entre los datos morfológicos y parte de los datos moleculares. También demostramos que este nuevo re-arreglo genérico está basado mayormente en algunos caracteres mitocondriales, y que el concepto de sinapomorfía ha sido mal usado.

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