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La estructura genética observada en diversos taxa puede explicarse, en parte, como respuesta biótica a cambios climáticos y geológicos pasados. En este sentido, la filogeografía busca interpretar los patrones de diversidad genética intra e interespecíficos, combinando un marco geográfico y filogenético para entender la demografía histórica y estructura poblacionales. Esta presentación discute resultados de estudios filogeográficos y filogenéticos en marcha orientados a caracterizar las relaciones evolutivas de diferentes linajes de roedores tales como Phyllotis xanthopygus, Akodon spegazzinii y Tympanoctomys barrerae. Para evaluar relaciones filogenéticas entre individuos e identificar procesos responsables de la distribución geográfica de la variación genética, se analizaron secuencias de ADN mitocondrial (COI, Citb) en individuos de diferentes poblaciones a lo largo de su distribución. Se calcularon distancias genéticas y se realizaron análisis filogenéticos basados en Máxima Parsimonia y Máxima Verosimilitud. P. xanthopygus mostró profundas divergencias, acompañadas de una importante estructuración geográfica. A. spegazzinii reveló un patrón filogeográfico moderado, sin grandes distancias genéticas entre grupos, observándose una mayor estructura geográfica en su distribución más austral. Finalmente, T. barrerae mostró una estructura filogeográfica moderada, identificándose linajes intraespecíficos genéticamente diferenciados en el centro de su distribución. Las aproximaciones filogeográficas son cada vez más utilizadas en taxonomía y conservación, ya que pueden aportar evidencia para la delimitación de especies y la detección de potenciales unidades de manejo. Los patrones de divergencia encontrados en P. xanthopygus sugieren la presencia de un complejo de especies crípticas, donde las poblaciones locales han estado divergiendo en relativo aislamiento durante grandes periodos de tiempo. Los cambios en el paisaje a lo largo de la distribución de A. spegazzinii (norte pastizales de altura aislados versus sur matorral halofítico y ambientes xéricos), podría determinar la estructura genética de sus poblaciones. Finalmente, el distintivo genético observado en algunas poblaciones de T. barrerae podrían tener implicancias en su conservación.