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Physalaemus comprende un grupo natural compuesto por 47 especies, con numerosos e históricos problemas taxonómicos. En base al análisis morfológico y de secuencias parciales del fragmento del gen ribosomal16S en ejemplares topotípicos, se propone a P. cuqui como sinónimo junior de P. albonotatus. En adición, se describe una nueva especie de Physalaemus, endémica del chaco húmedo de Argentina y Paraguay, previamente confundida con P. albonotatus. La nueva especie es miembro del clado P. cuvieri, en base a su posición filogenética y está caracterizada por su tamaño medio (LHC máximo en machos 24.8 mm; 27.3 mm en hembras); cuerpo estilizado; piel dorsal lisa; cabeza más larga que ancha; pliegue supratimpánico pobremente desarrollado; glándulas inguinales ausentes; tubérculo tarsal presente; canto de advertencia no pulsado, con una leve modulación descendente, y número diploide de 22 cromosomas (NF= 44). Una combinación de estados de carácter permite diferenciar al nuevo taxón de las restantes especies de Physalaemus. Se provee la descripción formal de la especie, en base a su morfología externa, canto de advertencia y distancia genética del gen ribosomal 16S en relación a los taxones emparentados.