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Habranthus chacoensis es una especie endémica citada para Paraguay y las provincias argentinas de Chaco y Formosa. Recientemente se ha localizado una nueva población en la provincia de Corrientes, Argentina. Se detectaron individuos que presentaban variación en el color de labase de los tépalos, con tonalidades verdosas en lugar de sus típicos colores rojizo?amarillento oscuro en procedencias de Chaco y Corrientes. El objetivo de este trabajo es determinar el nivel de ploidía y la fórmula cariotípica mediante tinción convencional y comparar los complementos cromosómicos de ambas poblaciones y cada una de las variantes morfológicas. Por otro lado, se pretende establecer si estas variantes morfológicas son interfértiles entre sí mediante cruzamientoscontrolados. Todos los individuos de la población de Corrientes (H2246) presentaron individuos diploides con 2n=2x=12 cromosomas y fórmula cariotípica 3m+2sm+1st independientemente del color de la base del tépalo. Este es el primer registro de esta especie para Corrientes. Por su parte, la población chaqueña también resultó diploide y presentó la misma fórmula cariotípica; y posee individuos con presencia y ausencia de cromosomas B. Los cruzamientos realizados entre individuos de diferente variante morfológica en la coloración de la base de los tépalos se compararon con los datos de producción de semilla en autopolinización y polinización abierta. El 66,66% de los frutos produjeron semillas con un índice de fertilidad de 0,48, cuyo valor es ligeramente inferior alde autopolinización y polinización abierta (0,50 y 0,61, Respectivamente). El promedio de semillas formadas también fue menor siendo 40,5 para los cruzamientos controlados y 42,00 y 48,73para autopolinización y polinización abierta. Los resultados obtenidos indican que la base verdosa de los tépalos es una variante morfológica para la especie H. chacoensis y se presenta un nuevo registro para la provincia de Corrientes, que resultó diploide y homoploide.