Elementos transponibles activos en yerba mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.): identificación, clasificación y caracterización estructural

FERNÁNDEZ, D.; AGUILERA P.M.; DEBAT, H. J.; GRABIELE, M.

Posadas

Jornada; Jornada de Presentación de Proyectos Interinstitucionales del CEDIT; 2015

Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica de Misiones

La yerba mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.) es un emblemático cultivo de Misiones. Con la finalidad de revelar posibles marcadores de variabilidad en la especie que puedan ser utilizados en sucesivos programas de mejoramiento genético, el presente trabajo se centró en analizar una base de datos de expresión de yerba mate obtenida vía NGS (44907 transcriptos) mediante diversas herramientas de bioinformática capaces de identificar, clasificar y caracterizar estructuralmente elementos transponibles (TEs) y otras secuencias repetidas. La caracterización estructural del transcriptoma de yerba mate mediante CENSOR-GIRI-Repbase reveló que ca. 20% de los transcriptos presentan asociación a TEs, en su mayoría Retrotransposones con LTR. A su vez, la herramienta RepeatMasker-Repbase encontró que ca. 6% de los transcriptos se asocian a TEs, en su mayoría Retrotransposones con LTR también. Asimismo, mediante la herramienta Tandem Repeat Finder (TRF) de RepeatMasker se hallaron un total de 8246 transcriptos con marcas de Microsatélites (SSRs) y 1454 secuencias de baja complejidad nucleotídica (BCN). Los resultados de GIRI y RepeatMasker fueron organizados en bases de datos correspondientes disponibles para su utilización. Por su parte, la caracterización estructural en Geneious-Pfam mediante BlastX encontró un total de 305 transcriptos asociados a TEs, en su mayoría Retroelementos. Para completar el análisis estructural, esos transcriptos se caracterizaron mediante HMM en las plataformas Pfam, NCBI-CDD e Interproscan 5, y finalmente, las anotaciones obtenidas fueron revisadas e integradas a las secuencias aminoacídicas y nucleotídicas. Estas secuencias y sus anotacions están disponibles en formato .GIFF para su posterior uso en el diseño de cebadores que permitan evaluar la variablilidad intraespecífica en yerba mate. La combinación de análisis permitió revelar dos conjuntos de transcriptos de yerba mate asociados a TEs: 1) un grupo interesante desde el punto de vista biológico útil para entender el impacto de los TEs en los genes de yerba mate y 2) un grupo apropiado para ser utilizado como marcadores de variabilidad en este importante cultivo.