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La creciente eutrofización de los ambientes acuáticos en la región y la construcción de numerosos embalses en las cuencas de los ríos Paraná y Uruguay, con el consiguiente aumento del tiempo de residencia del agua favorecieron el desarrollo y expansión de floraciones de Cyanobacteria nocivas afectando negativamente la calidad del agua. La detección de estos organismos en altas concentraciones constituye un alerta, por sus efectos sobre la salud humana, relacionado no sólo con el consumo de agua sino también con el uso de la misma para actividades recreativas y productivas. El objetivo de este trabajo consistió en analizar la ocurrencia de las floraciones de Cyanobacteria potencialmente tóxicas presentes en diferentes ambientes acuáticos, determinando su diversidad, densidad y distribución. Las muestras cualitativas y cuantitativas analizadas, provienen de cuerpos de agua leníticos (estanques de piscicultura), semileníticos (embalses) y lóticos (río Paraná, Uruguay y sus tributarios) de la provincia de Misiones, colectadas en el período comprendido entre 1990 y 2013. Los recuentos se realizaron siguiendo la técnica de Utermohl en microscopio invertido a 400x. Se identificaron en total 60 taxones de Cyanobacteria en el río Paraná y tributarios, y 30 en el río Uruguay. Microcystis aeruginosa fue la especie mas ampliamente distribuida y dominante en la mayoría de las floraciones en el río Paraná, acompañada por Dolichospermum circinalis, D. spiroides, en cambio en el río Uruguay fueron mas frecuentes Aphanizomenon schindleri, D. spiroides, M. aeruginosa, M. wesenbergii y Cylindrospermopsis raciborskii, con episodios frecuentes de olores y sabores desagradables en el agua destinada al consumo humano provocando problemas en la población que vive en sus riberas. En los ambientes leníticos fueron comunes los desarrollos masivos mixtos de Microcystis spp., Dolichospermum circinalis, Cylindrospermopsis raciborskii y Aphanizomenon spp.