Secuenciación, ensamblaje de novo y anotación del genoma del lenguado negro

MECHALY A.S., BURGUENER G., SOSA. E., VILLAREAL F., TURJANSKI A., VIÑAS J., MARTINEZ P

2018-01-01/2020-08-31

1-12

Biología

Rec.Nat.Renov.-Explotacion

El lenguado negro (Paralichthys orbignyanus) es un pez económicamente importante por su gran potencial de cultivo en Argentina. En este estudio se ha secuenciado, ensamblado y anotado el genoma completo de esta especie. La secuenciación fue realizada con un equipo HiSeq-4000 de Illumina. Se construyeron cuatro bibliotecas independientes (macho, hembra, pool de machos y pool de hembras); con lecturas pareadas de 150 pb (pares de bases), longitud media de inserción de 350 pb y coberturas mayores a 35 veces cada una. Se realizó un ensamblaje de novo de las secuencias obtenidas. Cada biblioteca se ensambló por separado utilizando SOAPdenovo2 y los contigs resultantes se ensamblaron con SSPACE3, antes de rellenar los gaps (huecos) con GapCloser. El tamaño del genoma obtenido fue de ~550 Mbp, tanto para machos como para hembras (41,35% del contenido de GC, 0,11% de bases indeterminadas). Un análisis de ensambles a nivel de genes centrales (subconjunto de 458 familias KOG expresadas universalmente) mostró más del 98% de los genes centrales presentes, con más del 78% de ellos, con una cobertura superior al 50%. Se realizó una predicción de genes basada en predictores estadísticos y predictores basados en secuencias de otra especie estrechamente relacionada, el Paralichthys olivaceus. Se encontraron 25,231 genes codificantes de proteínas, 445 ARNt, 3 ARNr y más de 1,500 ARNs no codificantes. Un mapa del genoma de esta especie ayudará en futuros estudios de genes relacionados con la diferenciación sexual, la pubertad, la ingesta de alimentos, la reproducción y otras funciones importantes relacionadas con el cultivo del lenguado negro.