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Una alternativa al uso de insecticidas sintéticos para el control de poblaciones de mosquitos vectores de diversas enfermedades lo constituyen algunos grupos de bacterias. Entre ellas, las bacterias entomopatógenas, tales como Bacillus thuringiensis subsp. israelensis Goldberg y Margalith (Bti) y Lysinibacillus sphaericus (Meyer y Neide) han sido las más estudiadas y son ampliamente utilizadas en los programas de control de estos vectores. Estas bacterias son específicamente tóxicas contra especies de Culicidae y Simuliidae a partir de dosis relativamente bajas cuando son ingeridas por estadios larvales de insectos susceptibles, y a partir de ellas se han diseñado diferentes productos formulados, disponibles comercialmente para su uso tanto doméstico como a mayor escala. Existen algunos reportes sobre algunas otras especies bacterianas que han presentado cierta toxicidad contra algunas especies de mosquitos; sin embargo la información es escasa. Por otro lado, Wolbachia pipientis Hertig, α-proteobacteria, endosimbionte obligatoria, identificada originariamente en ovarios de mosquitos del género Culex, tiene la capacidad de manipular la sexualidad y/o la reproducción de los insectos, por lo que se está estudiando como posible agente de control de poblaciones de mosquitos. Adicionalmente, a nivel mundial se está analizando la posibilidad de manipular la microbiota presente en los sistemas digestivos de mosquitos ya sea para incorporar moléculas tóxicas contra los mismos, o para la eliminación de aquellos microorganismos indispensables para la digestión de nutrientes necesarios para el desarrollo del insecto. En este capítulo se analizan las características principales de cada uno de estos grupos bacterianos exclusivamente para su aplicación en el manejo de poblaciones de mosquitos.