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La técnica de PCR en tiempo real (qPCR), una herramienta ampliamente utilizada para el estudio de expresión de genes, requiere la utilización de un gen de referencia adecuado para obtener conclusiones fiables. El ARNm del gen de referencia debe presentar niveles de expresión similares bajo distintas condiciones experimentales. Nuestro objetivo fue determinar la utilidad de los genes GAPDH, β-actina, HPRT y ciclofilina como controles internos durante el ciclo estral de ratas hembras. La expresión relativa de cada gen fue determinada por qPCR en cADN obtenido de adenohipófisis o hipocampo de ratas sacrificadas en proestro (P), estro (E) o diestro (D). La expresión fue evaluada por el método de 2-Ct. En la adenohipófisis, HPRT se comportó como un gen de expresión baja y β-actina como un gen de expresión media. Si bien la expresión de estos genes no varió significativamente durante el ciclo estral, mostraron gran variabilidad en cada grupo (HPRT P: 1.0±0.5;E:1.4 ±0.8;D 0.6±0.6; β-actina P: 1.0±0.5;E:1.9 ±0.9;D 1.8 ±1.2;ANOVA). La ciclofilina se comportó como un gen de expresión media en adenohipófisis, no presentó variaciones en su expresión durante el ciclo estral, y no mostró variabilidad entre individuos (P:1.0±0.3;E: 1±0.2;D: 0.9±0.3;ANOVA). En nuestras condiciones experimentales, la eficacia obtenida para GAPDH en la adenohipófisis no fue óptima. Sin embargo, se comportó como un gen de expresión media y no mostró variaciones en el ciclo estral en el hipocampo (P:1.0±0.1;E: 1.2±0.1 D: 1.1±0.1;ANOVA). En conclusión, hemos validado genes de control interno para el análisis de la expresión génica utilizando qPCR durante el ciclo estral, siendo la ciclofilina el gen más adecuado en la adenohipófisis mientras que GAPDH lo es para el hipocampo. Nuestros datos son de utilidad para estudios de expresión génica en ratas ciclantes e indican la importancia de la validación del gen de referencia utilizado en cada modelo y cada tejido.