Prevalencia de islas de patogenicidad de tipo IV536 en aislamientos clínicos de Escherichia coli uropatógena

ALEJANDRA RIVOLTA; LAURA DERDOY; SOFÍA MUCCI; DANIELA ARCHUBY; AGUSTINA TANI; CECILIA QUIROGA

Congreso; XXIII Congreso Latinoamericano de Microbiología. XIV Congreso Argentino de Microbiología ALAM-CAM 2016.; 2016

Las Islas de Patogenicidad (IPAs) son islas genómicas de entre 10 a 200 Kbp que contienen genes que pueden codificar para factores de virulencia. Estas estructuras se insertan frecuentemente río abajo de ARNs de transferencia, están flanqueadas por secuencias repetidas, poseen un porcentaje de bases G+C diferente al genoma en el que se encuentran y pueden contener dentro otros elementos móviles y accesorios. Las IPAs no son consideradas como estructuras estáticas, por el contrario, algunas son regiones inestables, pudiendo desaparecer espontáneamente del genoma bacteriano otorgándole dinámica y adaptabilidad. Las primeras IPAs descubiertas fueron en la cepa uropatógena E. coli 536, siendo las IPAs I536, II536, III536 y IV536 las más estudiadas hasta el momento. Las cepas uropatogénicas de E. coli (UPEC) son capaces de causar infecciones en el tracto urinario. La virulencia de estas cepas proviene en gran parte de las IPAs que contienen en su genoma. El objetivo de este trabajo fue determinar las islas de patogenicidad presentes en aislamientos clínicos de UPEC, correlacionar con su ocurrencia en genomas bacterianos y establecer una asociación con la virulencia de estas bacterias.La población de estudio consiste en 18 aislamientos de cepas UPEC extraídas de pacientes con infecciones urinarias de un hospital de la Ciudad de Buenos Aires. Este trabajo consiste en dos etapas; la búsqueda de IPAs presentes en genomas completos de UPEC en Genbank por métodos in-silico, y la identificación y relevamiento de las IPAs presentes en nuestra población de estudio mediante PCR con primers específicos para las 4 IPAs más estudiadas (I536, II536, III536 y IV536).Los estudios bioinformáticos realizados de un total de 172 genomas completos de E. coli, 85 presentaron por lo menos una de las 4 IPAs estudiadas en el presente trabajo. La prevalencia de estas plataformas en los genomas de E. coli portadoras de IPAs presentaron una distribución de 39.5% para I536, 68.6% para II536, 27.9% para III536 y 53.5% para IV536, lo que evidencia que las IPAs II536 y IV536 son las más diseminadas en el pangenoma de E. coli. La búsqueda de las IPAs I536, II536 y IV536 en los aislamientos de UPEC (n=18) resultó en la detección de IPA I536 en 2 cepas y de IPA IV536 en 17 cepas. De esta forma, se observa que IPA IV536 es la plataforma más diseminada, que hay una baja incidencia para IPA I536 y la ausencia completa de IPA II536 en esta población. Mientras que los datos de IPA IV536 son consistentes con los resultados obtenidos in-silico, no ocurre lo mismo para IPA II536. Por último, se pudo corroborar la coexistencia de IPAs en un mismo genoma para CQ24 y CQ25.La elevada presencia de IPAs536 en genomas bacterianos refleja la importancia de estas plataformas en la virulencia de UPEC. La gran variabilidad entre las distintas IPAs536 de aislamientos clínicos y de genomas completos refleja la versatilidad del genoma de E. coli uropatógenas así como su constante evolución y adaptación.