IMPAM   23988
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES EN MICROBIOLOGIA Y PARASITOLOGIA MEDICA
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Ocurrencia de intrones del grupo II en metagenomas de sedimentos submareales de distinta procedencia
Autor/es:
NAPOLITANO, NICOLÁS; VAZQUEZ, SUSANA C.; SJÖLING, SARA; LUNDGREN, LEIF; DIONISI, HEBE B.; LOZADA, MARIANA; JANSSON, JANET; MAC CORMACK, WALTER P.; QUIROGA, CECILIA
Lugar:
Buenos Aires
Reunión:
Congreso; III Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental- CAMAyA2015; 2015
Institución organizadora:
Asociación Argentina de Microbiología
Resumen:
Los intrones del grupo II son enzimas de ARN o ribozimas que se encuentran ampliamentedistribuidas en plantas, hongos, algas y bacterias. Estas ribozimas poseen diversas actividades, tales como splicing y movilización mediante un intermediario de ARN. Para lograr su forma activa óptima, el ARN de la ribozima se une a su cofactor, denominado IEP. Estos intrones invaden específicamente un genoma, función que depende de la estructura secundaria del ARN como de la presencia de su cofactor. La proteína IEP permite clasificar a los intrones del grupo II en diversas clases: cloroplasto (Cl1 y Cl2), mitocondrial (Ml) y bacteriano (A a F). Los intrones del grupo II de la clase C se caracterizan por insertarse eficientemente upstream de terminadores transcripcionales o en los sitios de recombinación attC de los cassettes de resistencia a antibióticos. Estudios previos demostraron que al invadir genomas de patógenos bacterianos algunos intrones de la clase C colaboran con la multirresistencia antibiótica. Por otro lado, se postuló que intrones de la clase C seencontrarían formando parte de genomas de bacterias marinas. El objetivo de este trabajo fue evaluar la ocurrencia de las distintas clases de intrones del grupo II en metagenomas de sedimentos submareales de dos zonas con diferente salinidad y determinar qué elementos dentro de esta familia de ribozimas son los más exitosos. Para ello, se analizaron 11 metagenomas, 6 de ellos procedentes de Caleta Potter, Isla 25 de Mayo (Rey Jorge), Antártida, y 5 del Mar Báltico en Vartahamnen, Suecia. La detección de las ribozimas se realizó mediante la búsqueda de homólogos de la proteína IEP usando 10 secuencias de referencia, que representan todas las clases de intrones del grupo II conocidas. Como primer paso se elaboró un algoritmo en el cual se incorporaron como filtros de exclusión un e-value mayor a -40 y un porcentaje de identidad superior a 35, de forma tal de garantizar la detección de todos los intrones presentes en las muestras. Este análisis resultó en ladetección de 199 candidatos en los metagenomas de Antártida y 307 en los metagenomas del Mar Báltico. Análisis filogenéticos usando los métodos de neighbor-joining y máxima verosimilitud con el programa MEGA V6.0 mostraron que los intrones de la clase C fueron las ribozimas más abundantes tanto en sedimentos de Antártida (28%) como del Mar Báltico (35%). Por el contrario, se observó una escasa o nula presencia de intrones de las clases A, B, o Ml en ambos nichos. Asimismo, este estudio permitió evidenciar que existen al menos 10 nuevas clases de intrones del grupo II, capaces de invadir nuevas regiones de un genoma. Nuestros resultados comprueban que la clase C de intrones del grupo II es la ribozima más diseminadas en genomas de bacterias marinas. Además, se evidencia la posible diseminación de estos intrones de nichos marinos a ambientes hospitalarios, pudiendo colaborar en el incremento de la multirresistencia antibiótica.