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Actualmente se reconocen 6 grupos genéticos de Trypanosoma cruzi (UDTs I a VI) que aún no han sido claramente correlacionados a las características biológicas de los parásitos que las componen. La trans-sialidasa enzimaticamente activa (TSa) es un factor de virulencia involucrado en patogénesis, expresado diferencialmente entre cepas de baja y alta virulencia (resultados previos). Debido a un SNP (T/C) altamente conservado en tres grupos parasitarios, existen isoformas inactivas (TSi) que mantienen características tipo lectina y podrían constituir nuevos factores de virulencia. En este sentido, los aislamientos que generan infecciones letales (pertenecientes a las UDTs II y VI, resultados previos) contienen copias génicas de TSi, mientras que aislamientos que generan infecciones crónicas (UDT I) carecen de dicho gen. En este trabajo secuenciamos la región génica que contiene al SNP determinante de actividad enzimática de TS en 38 aislamientos de T. cruzi obtenidos de diferentes áreas endémicas. Observamos la presencia de ambas isoformas de TS en las DTUs II, V y VI, mientras que las DTUs I, III y IV carecen de TSi. Estos resultados sugieren la presencia de dos grupos evolutivamente diferenciados y son compatibles con la historia evolutiva de T. cruzi actualmente aceptada. Estas observaciones además plantean una relación directa entre la presencia de TSi y la virulencia que podría hacerse extensiva a otras propiedades biológicas. Identificamos una distribución diferencial de los genes codificantes para un factor de virulencia entre las UDTs de T. cruzi. El agrupamiento de las UDTs según la secuencia de un fragmento de la TS nos permite proponer a la adquisición de la TSi (mediante un evento de transición T/C) como uno de los elementos de diferenciación de la UDT II, que fue luego transmitido a los grupos híbridos (UDT V y VI) que de ella se desprenden.