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Son pocas las funciones celulares que no se encuentran reguladas por señales de calcio. Hasta hace aproximadamente 15 años, las señales intracelulares de calcio eran consideradas procesos totalmente celulares afectando todas las regiones del citoplasma. El concepto de que estas señales de calcio se encuentran restringidas a regiones subcelulares específicas regulando procesos de compartimientos celulares individuales, es relativamente nuevo. Hoy en día sabemos que los diferentes microdominiossubcelulares, así como las organelas tales como mitocondrias, retículo endoplásmico y núcleo poseen una homeostasis de calcio característica. En general las mitocondrias de casi todos los tejidos son muy similares en cuanto a su capacidad de acumular calcio a través de un proceso que depende del potencial eléctrico a través de la membrana interna. Mientras que, la liberación de calcio acumulado en la mitocondria de los diferentes tejidos es muy variable, tanto en términos de velocidad como de mecanismo. Además, la eficiencia de la captación de calcio en las células es estrictamente dependiente de la organización topológica de sus membranas. Asimismo, la relación estructura-función entre las mitocondrias y otras membranas subcelulares está determinada por la arquitectura particular de cada célula. Las mitocondrias no sólo modulan la amplitud y la cinética de los niveles citoplasmáticos de calcio, sino que también dependen de señales de calcio para su propia funcionalidad, en especial para generar ATP. En este trabajo discutiremos algunos resultados de las variaciones de los niveles de calcio intramitocondrial en condiciones fisiológicas y en modelos experimentales de resaca alcohólica, tratamiento con ketamina y peróxido de hidrógeno y cirrosis hepática, mediante citometría de flujo utilizando como sensor de calcio intramitocondrial la sonda FLUO-4AM.