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Hace una década comenzábamos con los análisis arqueogenéticos en el IDACOR con el desafío de extraer el escaso ADN de cada muestra, amplificar ese ADN degradado y evitar la contaminación con ADN exógeno. Superados esos inconvenientes, obteníamos datos de haplogrupos mitocondriales o, idealmente, secuencias de la RHVI. Sin embargo, desarrollos tecnológicos posteriores permitieron resolver esas limitaciones, por lo que el secuenciamiento de muestras cada vez más antiguas y la obtención de datos cada vez más complejos (mitogenomas, genomas nucleares) se hicieron posibles en los laboratorios extranjeros que acompañaron ese cambio tecnológico y analítico. A partir del establecimiento de colaboraciones con laboratorios centrales o periféricos pudimos aplicar métodos avanzados sobre muestras arqueológicas de Argentina. La obtención de 22 mitogenomas de la provincia de Córdoba nos permitió describir nuevos clados mitocondriales, muchos originados localmente y de gran profundidad temporal, establecer vínculos filogenéticos con regiones aledañas y proponer un modelo demográfico para la región central. Mediante el análisis de datos nucleares de 19 muestras de Patagonia Austral contribuimos a reconstruir 7000 años de historia regional, identificando movimientos poblacionales asociados a cambios tecnológicos, procesos de mestizaje entre grupos vecinos y continuidad poblacional hasta el presente. Las experiencias colaborativas resultaron ser equitativas, productivas y absolutamente necesarias desde lo metodológico y lo analítico para el desarrollo de la arqueogenética local. No obstante, por falta de financiamiento, aún hoy seguimos en la disyuntiva entre «derivar» muestras a los laboratorios extranjeros para conseguir información significativa o «sacrificar» muestras valiosas para generar datos genéticos localmente con capacidad informativa limitada.