Detección des RNA en condiciones de microaerobios mediante técnicas de secuenciación masiva del RNA (RNAseq)

GOMEZ LOZANO MARIA; TRIBELLI PM; MOLIN SOREN; SOLAR VENERO ESMERALDA C.; LOPEZ NANCY I; RICARDI MM

Jornada; Jornada de ARN no codificante (RNA society); 2017

Las Pseudomonas son especies bacterianas que pueden ser encontradas en ambientes extremos o que presentan condiciones adversas para el desarrollo, tales como bajas temperaturas, alta incidencia UV, presencia de compuestos contaminantes y metales pesados. Si bien las especies de este género son consideradas aeróbicas; algunas son capaces de desarrollarse en bajas tensiones de oxígeno ya sea mediante la respiración del nitrato o procesos fermentativos. La respiración, el metabolismo de antibióticos y otros compuestos o la respuesta del sistema inmunológico son capaces de generar las denominadas especies reactivas de oxigeno (ROS) o de nitrógeno (RNS), elementos clave en el desarrollo y supervivencia de los microorganismos. Las respuestas a los distintos factores de estrés a los que se enfrentan las células están finamente reguladas y los pequeños RNAs regulatorios (sRNA) constituyen un elemento adicional en las redes regulatorias globales. Pseudomonas extremaustralis es una especie antártica que presenta alta resistencia al estrés térmico y oxidativo, entre otros, y cuyo genoma ha sido secuenciado, por lo que constituye un buen modelo para el análisis de respuestas a estrés mediante técnicas globales. Debido al impacto que pueden tener los agentes oxidantes, aún en condiciones de crecimiento en bajas tensiones de oxígeno, en este trabajo nos proponemos analizar la presencia e identidad de sRNA involucrados en la respuesta a la disponibilidad de oxígeno y a en la resistencia estrés oxidativo en microaerobiosis en P. extremaustralis. En este trabajo se realizó un análisis transcriptomico por secuenciación masiva de RNA (RNAseq) de cultivos aeróbicos (A), microaerobicos (M) y microaerobicos expuestos a estrés oxidativo, mediante el agregado de H2O23mM durante 1 hora (M-H). Se utilizó el kit comercial ScriptSeq v2RNA (Epicentre) para la preparación de las bibliotecas direccionales. Este protocolo permite la recuperación de transcriptos pequeños, pudiendo establecer además la direccionalidad de los mismos. Se empleó el programa Rockhopper para determinar los genes con expresión diferencial (P