Label Free Quantitation: técnica de cuantificación de proteinascon un espectrómetro de masa Q Exactive

MARIA PIA VALACCO; FERNÁNDEZ, JORGE GERMÁN; MORENO, SILVIA

Rosario

Congreso; III Congreso Argentino de Espectrometría de Masa; 2016

Sociedad Argentina de Espectrometría de Masa

Label Free Quantitation (LFQ), o Cuantificación Libre de Marcación, es una técnica ampliamente difundida dentro del campo de la proteómica que permite comparar las abundancias relativas de las proteínas presentes en un mismo sistema biológico pero bajo los efectos de diferentes estimulaciones (temperaturas, mediosdecultivo, etc.). Esta técnica se puede realizar con diferentes tipos de equipamiento, siendo los más comunes los espectrómetros de masa Triple Quadrupolo o los equipos híbridos con tecnología Orbitrap, acoplados a cromatógrafos líquidos, UHPLC o nanoLC. El espectrómetro de masa Q Exactive, de la empresa Thermo Scientific, es uno de esto sequipos híbridos. El mismo cuenta con un Quadrupolo, un analizador Orbitrap y una celda HCD (High Collision Dissociation), que acoplado al nanoLC permite realizar LFQ. El presente trabajo consiste en comprobar la técnica mediante un sencillo experimento y demostrar el potencial de la misma dentro de la proteómica. El experimento consiste en analizar con el Q Exactive tres muestras que contienen la misma concentración de un digerido tríptico de Saccharomyces cerevisiae y diferentes concentraciones de un digerido tríptico de la proteína Albúmina Sérica Bovina (BSA). El objetivo será comprobar en primer lugar que se detectan diferencias de abundancias ignificativas en la BSA pero que estas diferencias no se detectan en las proteínas de Saccharomyces cerevisiae, lo cual ya sería suficiente para probar la técnica LFQ. Pero también se quiere ver que estas diferencias detectadas se correlacionan con las diferentes concentraciones de la BSA