Detección de sRNA en condiciones de microaerobiosis y estrés oxidativo mediante técnicas de secuenciación masiva del RNA (RNAseq) en Pseudomonas extremaustralis

ESMERALDA C. SOLAR VENERO*; SOREN MOLIN; MARTININANO M. RICARDI; NANCY I. LÓPEZ; PAULA M. TRIBELLI*; MARIA GOMEZ LOZANO

Bernal, Argentina

Jornada; Primera Jornada Argentina de Biología de ARNs no codificantes; 2017

Universidad Nacional de Quilmes - Universidad de Buenos Aires

Las Pseudomonas son especies bacterianas que pueden ser encontradas en ambientes extremos oque presentan condiciones adversas para el desarrollo, tales como bajas temperaturas, alta incidenciaUV, presencia de compuestos contaminantes y metales pesados. Si bien las especies de este géneroson consideradas aeróbicas; algunas son capaces de desarrollarse en bajas tensiones de oxígeno yasea mediante la respiración del nitrato o procesos fermentativos. La respiración, el metabolismo deantibióticos y otros compuestos o la respuesta del sistema inmunológico son capaces de generar lasdenominadas especies reactivas de oxigeno (ROS) o de nitrógeno (RNS), elementos clave en eldesarrollo y supervivencia de los microorganismos. Las respuestas a los distintos factores de estrés alos que se enfrentan las células están finamente reguladas y los pequeños RNAs regulatorios (sRNA)constituyen un elemento adicional en las redes regulatorias globales. Pseudomonas extremaustralis esuna especie antártica que presenta alta resistencia al estrés térmico y oxidativo, entre otros, y cuyogenoma ha sido secuenciado, por lo que constituye un buen modelo para el análisis de respuestas aestrés mediante técnicas globales. Debido al impacto que pueden tener los agentes oxidantes, aún encondiciones de crecimiento en bajas tensiones de oxígeno, en este trabajo nos proponemos analizar lapresencia e identidad de sRNA involucrados en la respuesta a la disponibilidad de oxígeno y a en laresistencia estrés oxidativo en microaerobiosis en P. extremaustralis.En este trabajo se realizó un análisis transcriptomico por secuenciación masiva de RNA (RNAseq) decultivos aeróbicos (A), microaerobicos (M) y microaerobicos expuestos a estrés oxidativo, mediante elagregado de H2O23mM durante 1 hora (M-H). Se utilizó el kit comercial ScriptSeq v2RNA (Epicentre)para la preparación de las bibliotecas direccionales. Este protocolo permite la recuperación detranscriptos pequeños, pudiendo establecer además la direccionalidad de los mismos. Se empleó elprograma Rockhopper para determinar los genes con expresión diferencial (P