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En una roca con alteración hidrotermal, la formación de los óxidos de Fe-Ti está controlada por la mineralogía de la roca de caja y las condiciones físico-químicas del fluido hidrotermal, por lo que es de esperar que exista una correlación entre una asociación mineralógica representativa de un evento de alteración hidrotermal y una mineralogía magnética específica. El análisis mineralógico de magnetitas del pórfiro cuprífero San Pedro permitió reconocer magnetita en venillas asociada a la etapa potásica temprana y magnetita diseminada asociada a la etapa potásica tardía, todas ellas de composición prácticamente pura aunque con pequeñas diferencias en los contenidos de MnO y TiO2. La magnetita diseminada incluye cristales homogéneos asociados a biotita y cristales compuestos de magnetita-ilmenita, estos últimos interpretados como producto de oxi-exsolución en condiciones magmáticas. Los cristales de ilmenita se encuentran oxidados a hematita + rutilo, lo que se interpreta como producto de oxidación a baja temperatura, en condiciones hidrotermales. La magnetita de las venillas presenta hematitización que por su distribución sería también producto de oxidación a baja temperatura. Los fenómenos de oxidación a baja temperatura generados por una prolongada actividad hidrotermal habrían permitido que la magnetita ígnea alcanzara una composición final cercana a la de la magnetita pura que se superpone con los rangos de variación observada en ambos estadios de magnetita hidrotermal. Por otra parte la diferencia en composición química entre los diferentes pulsos de magnetita hidrotermal sugiere variaciones en la movilidad iónica en los fluidos durante la evolución del sistema hidrotermal.