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En modelos de infección experimental con T. cruzi para evaluar la efectividad de fármacos, la utilización de aislamientos naturales permite una mejor representación de lo que realmente ocurre en pacientes provenientes de áreas endémicas. El conocimiento sobre la complejidad de las cepas y aislamientos de T. cruzi es esencial para determinar los aspectos que intervienen en el tropismo tisular diferencial del parásito, las manifestaciones clínicas de la enfermedad, y la resistencia a las drogas. Varios estudios experimentales han indagado sobre las propiedades biológicas y los comportamientos de los diferentes linajes por separado, pero pocos se han centrado en la utilización de aislamientos naturales. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar el aislamiento Casibla (obtenido de un paciente con Chagas congénito proveniente de aérea endémica) en sangre, músculo cardíaco y músculo esquelético de ratones infectados y tratados con benznidazol (BZ) y clomipramina (CLO), en la etapa aguda de la infección. Se infectaron 36 ratones y se los dividió en los siguientes grupos: infectados no tratados (INT), tratados con: CLO 1,25mg/kg/día (CLO1,25), CLO 5mg/kg/día (CLO5), BZ 100mg/kg/día (BZ100), BZ 6,25mg/kg/día (BZ6,25) y BZ6,25+CLO1,25 (n=6 en cada grupo). La eficacia del tratamiento se evaluó a través del estudio de la sobrevida hasta los 35 días post infección y la cuantificación de los parásitos en sangre mediante PCR en tiempo real (test de Fisher). La caracterización se realizó utilizando sondas TaqMan seguida de la amplificación del fragmento genómico A10 de T. cruzi.Todos los esquemas de drogas utilizados, disminuyeron la carga parasitaria en relación al grupo INT (P