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Recientemente la hipótesis de co-especiación entre hantavirus y sus roedores reservorio fue desechada, ya que se demostró que estos grupos presentan muy diferentes tasas de evolución. Surgió entonces la hipótesis del cambio preferencial de hospedador, es decir, la transmisión del virus a un nuevo roedor filogenéticamente emparentado con el original, seguida de la especiación del primero. En este trabajo evaluamos el rol de este proceso en la diversificación de Hantavirus en Sudamérica. Esta región presenta la mayor diversidad de hantavirus del mundo, con más de 20 genotipos detectados hasta ahora; muchos de ellos son agentes etiológicos del Síndrome Pulmonar por Hantavirus (HPS). El conocimiento de la influencia del cambio preferencial de hospedador sobre la diversidad en Hantavirus es fundamental para comprender los patrones de especiación en el género. Realizamos un análisis co-filogenético de los virus, basado en secuencias del gen de la proteína N obtenido por RT-PCR, y de sus hospedadores primarios utilizando secuencias del gen mitocondrial cyt-b. El análisis mostró discordancias entre la filogenia de Hantavirus y de roedores, es decir que el cambio preferencial de hospedador no explica la diversificación del género en Sudamérica. Los linajes basales se distribuyen en el norte de la región, por lo que se propone una expansión norte-sur de estos virus, siguiendo un patrón de colonización similar al de los roedores. La proximidad geográfica histórica entre los hospedadores surge como una hipótesis alternativa a ser probada.