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Streptococcus mutans es una de las bacterias de mayor distribución mundial asociadas a la caries dental. La adquisición de una dieta rica en carbohidratos a partir del establecimiento de la agricultura, habrían aumentado la prevalencia de caries y favorecido la expansión demográfica de S. mutans. En este estudio se estimaron los niveles actuales de flujo génico, el tipo de ancestría de las cepas y se infirió el momento en que se produjo la expansión de S. mutans. Se obtuvieron 40 cepas S. mutans de niños de Córdoba y se secuenciaron los genes aroE, gltA, gyrA y lepC. Las secuencias fueron alineadas con las de cepas de Japón (n=89), Tailandia (n=52) y Finlandia (n=12). Se detectó la presencia de tres grupos genéticos con diferentes frecuencias en los cuatro países. El número de cepas con ancestría genética pura o mixta también fue diferente en cada país; Argentina (50%), Tailandia (13,5%); Japón (19,1%) y Finlandia (8.3%) de cepas con ancestría mixta. Este resultado podría estar asociado con las importantes oleadas migratorias humanas que experimentó Argentina, donde se habría producido la recombinación de cepas de S. mutans con diferentes orígenes geográficos. El análisis Extended Bayesian Skyline Plot reveló un importante crecimiento demográfico de la población bacteriana hace unos 5.000 años, coincidente con el momento del cambio a una dieta rica en hidratos de carbono.