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El río Suquía (Córdoba, Argentina) sufre desde hace décadas un fuerte impacto antropogénico, recibiendo contaminantes desde diferentes fuentes, lo cual afecta a los componentes de su biota. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos de la calidad de sus aguas sobre indicadores somáticos y reproductivos en la especie íctica Cnesterodon decemmaculatus. En tres sitios de muestreo con diferente calidad de agua y durante la época reproductiva tardía de dicha especie, se recolectaron ejemplares hembras, machos y muestras de agua. La calidad del agua se determinó mediante parámetros físicos, químicos y biológicos, junto a la medición de pesticidas, que evidenciaron el gradiente de degradación a lo largo de la cuenca. En ambos sexos el Factor de Condición de Fulton no mostró diferencias significativas entre sitios. El Índice Hepatosomático en hembras tendió a aumentar en el sitio con menor calidad de agua, mientras que el Índice Gonadosomático y la fecundidad resultaron mayores en tales condiciones, contrariamente a lo evidenciado en ambientes alterados, donde estos índices disminuyen. Esta mayor fecundidad en el sitio más degradado durante la época reproductiva tardía de la especie, pone en evidencia una desincronización del ciclo reproductivo entre las poblaciones del sitio contaminado y el de referencia. En machos, el Índice Gonopodial y la madurez del gonopodio también se vieron afectados en el sitio más degradado, presentando los menores valores; esto afectaría a largo plazo la eficacia reproductiva de la especie y sugiere que los pesticidas registrados podrían actuar como perturbadores endócrinos. De esta manera, el empleo de estos índices y de C. decemmaculatus como especie centinela evidencian el efecto negativo que la ciudad de Córdoba ejerce sobre la cuenca y su biota mediante el aporte de efluentes industriales, aguas residuales domésticas y escorrentías provenientes del parque automotor, entre otros factores.