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En la provincia de Córdoba (Argentina), la cuenca del río Suquía sufre un fuerte impacto negativo debido a múltiples fuentes de contaminación de origen antrópico. El objetivo del presente estudio fue evaluar si las variaciones en la calidad del agua afectan aspectos de la biología reproductiva de Cnesterodon decemmaculatus. Dicha evaluación se llevó a cabo a través de la medición de parámetros somáticos y morfológicos en individuos machos adultos recolectados en cuatro sitios de muestreo, durante la época reproductiva temprana y tardía. La evaluación de la calidad del agua se realizó mediante la aplicación de un índice de calidad del agua (ICA), el cual evidenció un gradiente de contaminación a lo largo de la cuenca estudiada. Igual patrón de variación se registró para los índices somáticos de los individuos recolectados. Además se analizó la morfología del gonopodio, para lo cual se llevó a cabo una diafanización con el fin de observar en detalle su estructura ósea y así contabilizar diferentes: componentes estructurales de dicho gonopodio. Se calcularon también tres índices gonopódico-somático, de elongación y de engrosamiento gonopodial. Los resultados obtenidos demostraron que los individuos recolectados en plena ciudad de Córdoba presentaron el menor valor del índice gonopódico-somático, mientras que aquellos muestreados en el sitio más degradado presentaron anomalías en las pequeñas estructuras del gonopodio. No se encontraron diferencias significativas en cuanto a los índices de elongación y engrosamiento gonopodial. Los cambios registrados en los individuos de C. decemmaculatus a lo largo del gradiente de calidad ambiental de la cuenca pone en evidencia el impacto negativo que ejerce la ciudad sobre la biota, a través del aporte de contaminantes provenientes del parque automotor, la escorrentía urbana, efluentes industriales y domésticos y, principalmente, del vertido de aguas residuales.